|
PcyA
(Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase), jest enzymem należącym do nowej klasy
reduktaz bilinowych, zależnych od feredoksyny. Reduktazy tworzące tą klasę są
enzymami rodnikowymi, nie potrzebującymi do swej aktywności ani kofaktorów ani
metali. Efektem działania PcyA jest redukcja grup winylowych biliverdyny (BV).
Podczas tej reakcji, cztery elektrony są przenoszone z feredoksyny, a końcowym
produktem reakcji jest phycocjanobilina. Badanie kryształów białkowych
kompleksu PcyA:BV za pomocą wysokoczęstotliwościowego rezonansu elektronicznego
EPR, dostarczyło dokładnej informacji na temat geometrii macierzy g w
kompleksie BV:białko. Obecnie prowadzimy teoretyczne badania nad topologią reaktywnych
związków pośrednich, uczestniczących w reakcji enzymatycznej, jak również nad
aspektami termodynamicznymi reakcji redukcji, takimi jak bariery transferu
elektronu/protonu lub wpływ zmian konformacyjnych na transfer elektronu/protonu.
Badania te są prowadzone za pomoca zaawansowanych metod chemii kwantowej, używając
hybrydowej metody ONIOM (mechanika molekularna /obliczenia
kwantowo-mechaniczne). We współpracy z prof. T. Wesołowskim z Uniwersytetu
Genewskiego, badamy wpływ niewielkich zmian w gęstości elektronowej, będacych
wynikiem mutacji niektórych ważnych aminokwasów w białku PcyA, na orientację i
wartości elementów macierzy g, używając nowo zaimplementowanej metody Warshal'a
i Wesołowskiego, opartej na tzw. formalizmie zamrożonej gęstości - „frozen
density formalism”.
|