Research Projects

PcyA (Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase)

PcyA (Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase), jest enzymem należącym do nowej klasy reduktaz bilinowych, zależnych od feredoksyny. Reduktazy tworzące tą klasę są enzymami rodnikowymi, nie potrzebującymi do swej aktywności ani kofaktorów ani metali. Efektem działania PcyA jest redukcja grup winylowych biliverdyny (BV). Podczas tej reakcji, cztery elektrony są przenoszone z feredoksyny, a końcowym produktem reakcji jest phycocjanobilina. Badanie kryształów białkowych kompleksu PcyA:BV za pomocą wysokoczęstotliwościowego rezonansu elektronicznego EPR, dostarczyło dokładnej informacji na temat geometrii macierzy g w kompleksie BV:białko. Obecnie prowadzimy teoretyczne badania nad topologią reaktywnych związków pośrednich, uczestniczących w reakcji enzymatycznej, jak również nad aspektami termodynamicznymi reakcji redukcji, takimi jak bariery transferu elektronu/protonu lub wpływ zmian konformacyjnych na transfer elektronu/protonu. Badania te są prowadzone za pomoca zaawansowanych metod chemii kwantowej, używając hybrydowej metody ONIOM (mechanika molekularna /obliczenia kwantowo-mechaniczne). We współpracy z prof. T. Wesołowskim z Uniwersytetu Genewskiego, badamy wpływ niewielkich zmian w gęstości elektronowej, będacych wynikiem mutacji niektórych ważnych aminokwasów w białku PcyA, na orientację i wartości elementów macierzy g, używając nowo zaimplementowanej metody Warshal'a i Wesołowskiego, opartej na tzw. formalizmie zamrożonej gęstości - „frozen density formalism”.

 
Mechanizm transportu jonu Cu(II) przez membrany PLM

Celem tego projektu jest zrozumienie mechanizmu transportu jonu miedzi Cu(II) przez membrany PLM, zawierające jako nośnik mieszaninę eteru azakoronowego oraz kwasu tłuszczowego. W takim systemie PLM, oba związki (eter azakoronowy oraz kwas tłuszczowy) mogą służyć jako nośniki, ponieważ i eter i kwas tłuszczowy są podatne na kompleksację przez jon miedzi. Dlatego też, ważne jest dokładne zbadanie i zrozumienie mechanizmu trasnportu oraz roli i udziału w nim obu nośników. Obecnie badania nad systemami PLM są prowadzoene za pomocą technik spektroskopowych EPR i EXAFS we wspólpracy z prof. Kamilem Wojciechowskim z Politechniki Warszawskiej oraz Dr Andrzejem Ożarowskim z Centrum Wysokich Pól Magnetycznych w Tallahassee na Florydzie.

 

Badania koordynacji jonu manganowego przez nukleotydy i kwasy nukleinowe za pomoca podwójnego rezonansu ENDOR fosforu 31P

 

Kompleksowanie manganu przez nukleotydy i kwasy nukleinowe jest ważną reakcją zachodzącą w wielu systemach naturalnych, a szczególnie w systemach zawierających ADP i ATP. Alternatywą dla słabej rozdzielczości technik CW elektronicznego rezonansu spinowego, typowej w badaniach kompleksowania jonów metali przez nukleotydy i kwasy nukleinowe, może być zastosowanie podwójnego rezonansu fosforu 31P ENDOR, szczególnie jeśli jest on wykorzystany w wysokich polach magnetycznych. Obecnie badamy sposób koordynacji jonu manganowego w systemach enzymatycznych zawierających grupy fosforanowe, przy użyciu czułych metod pulsowych opartych na sekwencjach ENDOR Mims.a i Davies.a w paśmie częstotliwości 130 GHz. Wstępne dane eksperymentalne otrzymane w przypadku prostych kompleksów Mn-nukletoyd, pokazują, że techniki te wykazują bardzo dobrą rozdzielczość i mogą być z powodzeniem zastosowane do bardzo małych objętości próbek materiału biologiczenego.

 


Badania słabych oddziaływań metal-sytem π w dimerach metali przejściowych ArMMAr (Ar = Terphenyl; M = Cr, Fe lub Co) za pomocą obliczeń kwantowo–mechanicznych.
Zrozumienie dokładnej natury słabego oddziaływania pomiędzy metalami przejściowymi i systemami zawierającymi elektrony π jest jednym z ważnych aspektów chemii koordynacyjnej, szczególnie w kontekscie niedawnego rozwoju chemii wiązań wielokrotnych pomiędzy metalami przejściowymi. We współpracy z Laurą Gagliardi z Uniwersytetu Genewskiego, stosujemy nowoczesne metody chemii kwantowej celem lepszego zrozumienia zasadniczych różnic między oddziaływaniami metal-system π w dimerach metali przejściowych typu ArMMAr (Ar = Terphenyl; M = Cr, Fe lub Co). Te różnice mają również poważne konsekwencje dla oddziaływań metal-metal, a co za tym idzie, dla zrozumienia natury pięciokrotnego wiązania Cr-Cr. Nasze dotychczasowe badania teoretyczne wskazują, iż w dimerze zawierąjacym fragment Cr−Cr, wzajemne oddziaływanie metal-system π jest bardzo słabe i nie zaburza pięciokrotnego wiązania Cr-Cr, podczas kiedy w analogicznych związkach zawierających fragmenty Fe-Fe i Co-Co, silne oddziaływania metal-system π skutkują koordynacją metalu przez system π typu η6, uniemożliwiając wyższą krotność
wiązania metal-metal.